有机酸是指含羧基的酸性化合物，大多数具有酸味的植物中都含有该类成分。它包括天然有机酸和合成有机酸。植物酵素中富含大量的有机酸，一个来源是原料的植物（比如：中草药和水果）富含大量的天然有机酸；另一个来源是微生物（比如：酵母、乳酸菌）发酵过程中又产生了原本原料中没有的新有机酸。
01酵素中的有机酸有哪几种
植物制作酵素前后有机酸含量会有明显变化。一些植物中某种有机酸含量排第一，但是制作成酵素后，有机酸含量排第一的种类会有所改变。比如：火龙果没有发酵前，其有机酸含量从多到少排列为：苹果酸醋酸柠檬酸琥珀酸草酸乳酸酒石酸VC富马酸，此时火龙果中以苹果酸、醋酸和柠檬酸含量最多。而火龙果酵素中有机酸含量从多到少排列为：乳酸醋酸琥珀酸柠檬酸酒石酸草酸苹果酸莽草酸，此时，乳酸、醋酸含量则最多。
植物制作酵素后能增加有机酸的种类。原本植物中没有的有机酸种类，发酵成酵素之后，在益生菌的帮助下，又搞出了几种原料中没有的有机酸。以蓝莓为例，蓝莓中仅测到柠檬酸、丙酮酸、苹果酸3种有机酸，而蓝莓酵素中则测到柠檬酸、丙酮酸、苹果酸、乳酸、琥珀酸、乙酸、丙酸、正丁酸、异戊酸9种有机酸。
火龙果中一种有机酸特别引人注目：维生素C（简称：VC）也是一种有机酸，它还有另外一个名字是抗坏血酸。经过火龙果发酵成火龙果酵素后，其实维生素C含量已然特别少了，甚至可以忽略。这可能是由于抗坏血酸（维生素C）转为其他种类的有机酸。
但是类似沙棘这种维生素C含量特别高的，制作成沙棘酵素后，维生素C含量依然可观。沙棘酵素中的有机酸主要以酒石酸、苹果酸、抗坏血酸（维生素C）为主，发酵过程中新形成了马来酸、琥珀酸和没食子酸，且醋酸和琥珀酸随着发酵时间的延长呈现不断增加的趋势
当然这个结果仅供参考。因为不同的发酵工艺和菌种都会影响最终的有机酸种类。
02有机酸对风味有影响
植物酵素中有大量的有机酸，导致酵素有酸味，但过多的酸会使食用酵素有酸涩感，口味粗硬，品质下降。
这就是为什么特别酸的东西吃起来就特别涩，大多是因酸而涩。一说柠檬大家就知道了，柠檬特别酸，甚至倒牙。细品，它也是涩涩的。柠檬吃起来涩也是因为它的有机酸含量很多。
降酸是改善酵素口感和提升品质的关键。葡萄酒发酵或许能给我们启发：化学降酸法、苹果酸-乳酸发酵法，具有难以克服的缺点。而用原生质体融合筛选出的降酸性能好的。
03有机酸平衡肠道菌群的作用机理
天然成分有机酸类成分的药理作用广泛，如抗炎、镇痛、抗病*、抗结核、抗氧化、抗疲劳、抑制血小板聚集以及诱导肿瘤细胞凋亡等。很多天然药物如金银花、鱼腥草、忍冬藤等都具有抗菌解*、消炎利胆的药效，绿原酸是其主要的活性成分，大量研究表明，绿原酸主要在肠道菌群的作用下被代谢，因而发挥相应效果；八角茴香中抗禽流感的有效成分是莽草酸，同样是经肠道细菌进行生物转化。
肠道菌群对天然药物的活性成分转化图有机酸可以说是浆果类酵素的有机组成部分。有机酸进入人体后，主要在肠道发挥作用。从医学上来说，有机酸在肠道主要是发生结合反应，包括糖基化、羟基化和甲基化。
在此过程当中，一方面能够为结肠上皮细胞以及小肠上皮细胞的新陈代谢提供所需要的能量；另一方面能够有效调整肠道菌群，降低结肠癌发病风险以及慢性疾病发病风险。
由此可见，调整肠道菌群平衡的除了喝益生菌制剂（比如：酸奶），也可以补充通过有机酸来调整肠道菌群平衡。因为有机酸能够通过肠道黏膜完成吸收，刺激人体的肠道，从而完成钠离子的吸收。
04有机酸的在现实生活中还可以用在哪些地方？
由于大多数酵素原液的pH7，大多集中在3-4之间，呈现酸性。我们跟大家提一种酸——草酸，大家就熟悉酵素原液也可以用在哪些地方了。除水垢、除锈等等都不在话下。甚至醋酸可以解决的一些生活小难题，酵素原液差不多都可以做到。这是由它的pH决定的。
05酸性环境形成了酵素中特有的成分平衡
酵素中主要功能性成分之一的有机酸，这跟酵素的旧称“酶”有什么关系？
目前中国大陆地区以外的日本和台湾把酵素定义为一种发酵食品，大陆地区部分专家和媒体仍然沿用酵素是酶的说法，英文名为Enzyme。但是根据酵素行业标准，中国大陆地区的酵素用发酵食品定义是更为准确的他们的进一步推断是，酶经过胃后是没有作用的，因为酸性环境破坏了酶的活性。具体来说，胃的pH在1.5左右，酵素原液呈现酸性，pH集中在3-4之间，虽然没有胃酸的pH值低，然而酵素原液中的酸性环境形成与之对应的植物类功能性成分、益生菌等成分。用酶这种成分来概括酵素中的成分是片面的。因为做过酵素原液检测的人会发现，酵素中的成分十分复杂，不仅仅只有酶这种成分。
根据中国生物发酵产业协会酵素分会的专家组检测发现：酵素是不等于酶的。只今天的酵素中的有机酸便可以推翻这一说法。根据工信部发布的《植物酵素》和《酵素产品分类导则》，酵素的新英文名为Jiaosu。并得到了美国SCI的认可。